El monestir benedictí de Sant Miquel de Fluvià nasqué com una abadia dependent de Sant Miquel de Cuixà, que ja devia posseir el lloc i l’església que hi havia fundada en una data anterior a l’any 1011. Una butlla del papa Sergi IV de l’any esmentat que confirma les possessions de l’abadia del Conflent, s’hi refereix textualment: “…in comitatu Impurdano… ecclesiam de Fluviano cum suis terminis et pertinentiis”.
La nova església de Sant Miquel de Fluvià fou consagrada el 14 d’octubre de l’any 1066 pel bisbe Berenguer Guifré de Girona, amb l’assistència, novament, de Guifré, arquebisbe de Narbona, i dels bisbes Guillem d’Osona, Berenguer de Barcelona, Guillem d’Urgell i Ramon d’Elna.
En les Rationes decimarum dels anys 1279 i 1280 és consignat el “monasterio de sancti Michaelis de Fluviano”, mentre que en els nomenclàtors del segle XIV s’enregistra amb el nom d’Abbatia monasterii sancti Michaelis de Fluviano”1.
La parròquia de Snt Miquel de Fluvià depenia de l'antic Ardiaconat d'Empúries2.
1 Catalunya Romànica, per Joan Badia i Homs
2 El Llibre Verd del Bisbe de Girona (1362-1371). El delme i l'estructura feudal de la diòcesi de Girona al segle XIV, d'Elvis Mallorquí Garcia
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)