El monestir benedictí de Sant Esteve de Banyoles fou fundat pels volts de l'any 812, en un extrem de la Vila vella de Banyoles, per l'abat Bonit. L'església fou consagrada el 889 pel bisbe Servusdei i el 957 tornava a ser consagrada pel bisbe de Girona Arnulf, ja que segons consta en la documentació, l'antiga havia estat destruïda per les ràtzies magiars.
Entre la data de la fundació i la fi del segle X, el monestir fou posat sota la protecció del comte Rampó de Girona i Barcelona. En aquests anys devia adquirir les esglésies de Sant Pere de Rodes, fet que ocasionaria un llarg procés entre els monestirs de Sant Esteve i Sant Policarp de Rasès i Sant Julià del Mont. Tot i això el monestir va continuar prosperant ajudat pels comtes de Cerdanya-Besalú, a les donacions de que fou objecte i l'adquisició dels priorats de Santa Maria de Finestres, Sant Marçal del Montseny i de Sant Nicolau de Calabuig. Le seva decadència es devia produïr vers l'any 1078, circumstància que degué provocar l'annexió al monestir de Sant Víctor de Marsella. Entre els segles XII i XIII, el monestir acumulà bona part del seu poder territorial i jurisdiccional.
Des del segle XI hi hagué dins la comunitat una escola monacal, que fou reemplaçada el 1446 per un estudi general benedictí. Al segle XVI es destacà en la lluita per mantenir l'observança tradicional de la província de Tarragona i evitar la incorporació de la congregació de Valladolid. L'abadia fou regida del 1503 al 1562 per abats comandataris, alguns d'ells notable, com Miquel Sampsó, que era alhora abat de Breda. Durant el seu abaciat es va crear al monestir una escola de cant religiós que va perdurar fins el 1835, data en que definitivament va quedar dissolta la comunitat de Banyoles.
L'antic edifici monàstic va malmetre's en gran part durant els forts terratrèmols dels anys 1427 i 1428, que destruïren un sector considerable de l'església i el campanar. La portada, d'estil gòtic tardà, correspon a una reforma del 1530. El 1655, durant la guerra amb França, el monestir fou assaltat i cpom a conseqüència de la lluita fou arrasada la torre i el claustre romànics, amb part de l'església, el palau abacial i les cases dels monjos. La proximitat a la frontera va comportar que la comunitat hagués d'abandonar el monestir diverses vegades refugiar-se al santuari de la Mare de Déu dels Arcs,a la vall de Santa Pau. Per aquestes visicituds sovint d'hagueren d'emprendre obres que feren desaparèixer la major part de l'obra romànica o medieval. El campanar de planta octogonal fou construït entre els anys 1692 i 1699. i el copulí el realitzà Pere Martí a l'any 1787. El claustre projectat per Soriano a l'any 1722 es va construïr el 1783, dintre unes línies neoclàssiques que recorden les solucions renaixentistes.
A l'església destaca la capella de Sant Martirià, am teles de Marià Vayreda i, sobretot, el retaule de la Mare de Déu d'Escala (1439), obra de Joan Amigó, que es va instal·lar al presbiteri a l'any 1984.
El monestir restà abandonat i fou en part depredat fins el 1863, quan es va convertir en casa-missió de la diòcesi de Girona
Informació extreta del llibre "Catalunya Romànica, vol. V"
© Portal Gironí d'Història i Genealogia (www.portalgironi.cat)